Pendant la croisade contre les albigeois, l'abbé de Caunes reçu plusieurs fois les représentants du Pape, venus prêcher l'orthodoxie catholique.
En 1227, Pierre Isarn, évêque cathare du Carcassès fut brûlé à Caunes.
Le marbre incarnat extrait de la carrière de Caunes-Minervois se retrouve dans les chapelles latérales de la nef reconstruite au XIVème siècle, puis voûtée de briques en 1770.
Elle est éclairée par de grandes baies gothiques percées au sud. L'abside est ornée de vitraux et de stalles en bois du XVIIIème siècle.
Un retable de marbre est consacré aux martyrs de Caunes. L'abbé Jean d'Alibert fit restaurer les bâtiments et reconstruire le logis abbatial.
Le cloître actuel a été érigé au XVII par la Congrégation de Saint-Maur, sur les bases du cloître médiéval.
Le corps principal des bâtiments conventuels abrite des expositions permanentes et des salles d'exposition temporaires.
Dans la crypte, ouverte au public... se trouve des vestiges de la première église carolingienne.
Complétez la visite de l'abbaye par une découverte du bourg qui présente des éléments de façades datant du Moyen Age au XVIIIème siècle dont le remarquable Hôtel d'Alibert, de style Renaissance sur les hauteurs de Caunes, promenez-vous de la chapelle Notre Dame du Cros, jusqu'à la Carrière du Roy, ancienne carrière de marbre d'où fut extrait le marbre utilisé entre autre au Trianon à Versailles et à l'Opéra de Paris.
